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一、基本介绍

NCBI Primer-BLAST 是一种高效而可靠的引物设计工具。它结合了 NCBI 数据库和 Primer3 引物设计软件，并使用 NCBI BLAST 系列的搜索算法来选择最佳的引物和探针。用户可以使用特定基序来搜索可能的引物和探针，或者使用现有的序列和已知的温度表来设计特定的引物和探针。

NCBI Primer-BLAST 的主要优点是能够同时进行引物和探针的设计，同时可以获得准确的特异性评估结果。这使得用户可以获取可靠且可重复的引物设计。

二、功能特点

1、NCBI Primer-BLAST 支持多种引物和探针的设计方法，包括传统的 PCR 引物、亚基因 RNA 引物、以及实时 PCR 探针等。

    # 使用 NCBI Primer-BLAST 进行基本的 PCR 引物设计
    
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHomeToPrimers&fromSummary=true
    
输入序列，选择适当的搜索选项和参数，即可设计出基于 NCBI 数据库的高效引物

2、NCBI Primer-BLAST 可以自动生成特定的引物序列，同时提供引物与不同基序的匹配程度、引物序列间的 HOMO 和 HET 情况等信息。这些信息有助于用户选择最佳的引物序列。

    # 使用 NCBI Primer-BLAST 进行特定基序的引物设计
    
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHomeToPrimers&fromSummary=true
    
输入特定基序，可以自动搜索引物序列，还可以进行进一步的参数设置和调整

3、同时支持 BLAST 搜索。通过与已有数据库进行比对，可以评估引物与其他序列的特异性程度，排除与其他基因组、转录本等序列的杂交。

    # 使用 NCBI Primer-BLAST 进行 BLAST 搜索以评估特异性
    
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHomeToPrimers&fromSummary=true
    
选择“BLAST”选项，输入相关参数，即可进行引物特异性的评估。

三、应用场景

NCBI Primer-BLAST 可以广泛应用于众多领域，包括：

1、基础生命科学和医学领域的核酸分析、基因测序和 PCR 扩增等实验研究。

2、农业、环境科学等领域的生物检测和研究。

3、教学和科研领域的生物信息学课程和实验室。

4、医疗科研领域的肿瘤诊断和基因检测等方面。

四、总结

NCBI Primer-BLAST 是一种高效而可靠的引物和探针设计工具，具有多种引物和探针的设计方法，可自动生成特定的引物序列。它能够提供精确的特异性评估结果，为生命科学、医学、农业等领域提供了有力的工具。